企業發票存根聯如何處理?

根據《國務院關于修改〈中華人民共和國發票管理辦法〉的決定》（國務院令第587號）第二十九條的規定，

開具發票的單位和個人應當按照稅務機關的規定存放和保管發票，不得擅自銷毀。已經開具的發票存根聯和發票登記簿，應當保存5年。保存期滿，報經稅務機關查驗后銷毀。

稅務部門提醒，納稅人遇到上述情況時，除了對正在開據的發票應按規定保管外，對所用完的發票也仍應按稅法規定的期限保管，尤其是涉及銷毀發票存根時應主動向稅務部門報告，否則極有可能對自己造成不必要的麻煩。

因此，該公司應將前5年開具的發票存根聯單獨存放，并查清發票的種類、數量，然后向主管稅務機關請示銷毀，待稅務機關查驗后再統一銷毀。

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