案情簡介：近期，稅務機關在對某房地產開發(fā)有限公司實施檢查時發(fā)現(xiàn)，該企業(yè)通過招拍掛方式取得A土地的使用權，同時，政府與該企業(yè)簽訂了補充協(xié)議，對企業(yè)支付的A土地的出讓金進行財政返還。在土地增值稅清算申報時，企業(yè)根據(jù)其出讓合同約定的土地出讓金總額填報取得土地使用權所支付的金額。稅務機關認為該企業(yè)地價款申報有誤。

稅法分析：《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》（財法字[1995]6號）規(guī)定：取得土地使用權所支付的金額，是指納稅人為取得土地使用權所支付的地價款和按國家統(tǒng)一規(guī)定交納的有關費用。江蘇省地方稅務局《關于土地增值稅有關業(yè)務問題的公告》（蘇地稅規(guī)[2012]1號）規(guī)定：納稅人為取得土地使用權所支付的地價款，在計算土地增值稅時，應以納稅人實際支付土地出讓金（包括后期補繳的土地出讓金），減去因受讓該宗土地政府以各種形式支付給納稅人的經(jīng)濟利益后予以確認。本案中，該企業(yè)取得土地使用權所支付的地價款應為出讓合同約定的地價款扣除政府財政返還款后的余額，稅務機關對該企業(yè)取得土地使用權所支付的金額進行了調整，并將審核結果書面通知企業(yè)，要求企業(yè)在規(guī)定的期限內補繳稅款。