根據前面的稅收政策評判，我國現有稅法對同一個項目有普通住宅又有非普通住宅，要享受普通住宅免土地增值稅的稅收待遇，只明確要求分開核算增值額，而對如何計算土地增值稅沒有具體規定，在實際土地增值稅征收計算中，有兩種土地增值稅計算方法：一種是按核算項目先整體計算增值額和增值率，確定相應稅率后，再按面積分別核算增值額，計算土地增值稅;另一種是先按面積分開項目計算增值額與增值率，再分別確定適用稅率計算增值稅。結合本案例，現將兩種計算方法分別闡述如下。

　　方法一：按核算項目先整體計算增值額和增值率，確定相應稅率后，再按建筑面積分別核算增值額，計算土地增值稅。

　　扣除項目=土地成本+房屋開發成本+費用扣除10%+加計扣除20%+稅金=120+600+(120+600)×10%+(120+600)×20%+55=991(萬元)。

　　增值額=收入-扣除項目=(500+500)-991=9(萬元)。

　　增值率=增值額÷扣除項目×100%=9÷991×100%=0.9%。低于50%，適用30%的稅率。

　　由于增值率未超過20%，因此5000平方米普通標準住宅免土地增值稅。

　　商鋪應納的土地增值稅=9×1000÷6000×30%=0.45(萬元)。

　　方法二：先按面積分開項目計算增值額與增值率，再分別確定適用稅率計算增值稅。

　　普通標準住宅扣除項目=120×5000÷6000+600×5000÷6000+(100+500)×30%+27.5=807.5(萬元)(除稅金及附加外其他按面積分攤)。

　　普通標準住宅增值額=500-807.5=-307.5(萬元)，無增值額。

　　商鋪扣除項目=120×1000÷6000+600×1000÷6000+(20+100)×30%+27.5=183.5(萬元);

　　商鋪增值額=500-183.5=316.5(萬元);

　　商鋪增值率=316.5÷183.5×100%=172%，適用50%的稅率。

　　商鋪應納土地增值稅=316.5×50%-183.5×15%=130.725(萬元)。

　　由此可見，兩種方法計算相差懸殊，按第一種方法應納的土地增值稅為0.45萬元，按第二種方法應納土地增值稅為130.725萬元。

　　到底應該選擇方法一還是選擇方法二呢?對于企業來講，應該選擇方法一可以使企業節省130.275萬元土地增值稅(130.725萬元-0.45)，對于需要及時完成稅收任務的稅務機關來講，更傾向與按照方法二進行計算土地增值稅。