《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》(國稅發〔2006〕187號，以下簡稱187號文件)第二條第二項規定，下列情形主管稅務機關可要求納稅人進行土地增值稅清算：1.已竣工驗收的房地產開發項目，已轉讓的房地產建筑面積占整個項目可售建筑面積的比例在85%以上，或該比例雖未超過85%，但剩余的可售建筑面積已經出租或自用的;2.取得銷售(預售)許可證滿3年仍未銷售完畢的;3.納稅人申請注銷稅務登記但未辦理土地增值稅清算手續的;4.省稅務機關規定的其他情況。

　　上述除第三種情形外，通常是針對已銷售房地產項目。對清算后再轉讓房地產土地增值稅的處理，187號文件第八條規定，在土地增值稅清算時，未轉讓的房地產，清算后銷售或有償轉讓的，納稅人應按規定進行土地增值稅的納稅申報，扣除項目金額按清算時的單位建筑面積成本費用乘以銷售或轉讓面積計算。單位建筑面積成本費用=清算時的扣除項目總金額÷清算的總建筑面積。

　　實踐中，按照上述處理方法，由于清算后再轉讓房地產價格的變化以及清算時點的不同，將導致清算對象的應納土地增值稅稅額的變化，造成多繳或少繳稅款的涉稅風險，不符合稅收“固定性”的特征。下面以案例來說明。

　　甲房地產公司2009年起開發了乙項目(作為清算單位，不符合減免稅條件)，可售建筑面積為10萬平方米，截至2012年5月，已售建筑面積為8.51萬平方米，占可售面積的85.1%，稅務機關要求該公司辦理土地增值稅清算申報。清算申報資料顯示：取得土地使用權所支付的金額為6500萬元、房地產開發成本25000萬元、房地產開發費用3150萬元，截至2012年5月，已納可扣除的與房地產有關的稅金2220萬元。該公司2012年6月辦理土地增值稅清算申報(所屬期截至2012年5月)，申報表顯示：轉讓房地產收入總額為40000萬元、扣除項目金額合計37068.45萬元(稅金按實扣除，其他項目均按85.1%計算)、增值額為2931.55萬元，增值率為7.9%、適用稅率為30%、應繳土地增值稅稅額為879.47萬元。該公司2012年6月~12月均未實現銷售，2013年1月將剩余1.49萬平方米銷售完畢，取得轉讓房地產收入10430萬元，繳納與轉讓房地產有關的稅金578.87萬元。

　　按照187號文件第八條規定的處理方法計算，單位建筑面積成本費用=清算時的扣除項目總金額(37068.45萬元)÷清算的總建筑面積(8.51萬平方米)=4355.87(元/平方米)，扣除項目金額=清算時的單位建筑面積成本費用(4355.87元)×銷售或轉讓面積(1.49萬平方米)=6490.25(萬元)，增值額為3939.75萬元，增值率為60.70%，適用稅率為40%，速算扣除系數為5%，清算后再轉讓應納增值稅稅額為1251.39萬元。該項目清算時和再轉讓，應繳土地增值稅合計2130.86萬元。

　　根據187號文件第二條第二項規定，該公司在2012年5月這個時點屬于可通知清算的情形，若稅務機關因種種原因未通知該公司清算，而該公司于2013年1月完成全部銷售后清算，根據土地增值稅暫行條例及其實施細則等規定計算的應繳土地增值稅稅額為2004.34萬元(適用稅率為30%，計算過程略)。

　　上述兩種處理方法的不同，造成納稅人應繳土地增值稅稅額存在較大差異。這也表明187號文件第八條規定的“清算后再轉讓房地產的處理”方法，雖然簡化了清算后的土地增值稅計算，但與土地增值稅暫行條例及其實施細則規定的土地增值稅計算方法相悖。

　　針對187號文件第八條規定的處理方法存在的問題，有稅務機關提出，清算后再轉讓土地增值稅的計算方法為：再轉讓扣除項目金額=[(清算時的扣除項目總金額-清算時扣除的與房地產有關的稅金)÷清算時已售面積]×再轉讓建筑面積+再轉讓應扣除的與房地產有關的稅金，再根據增值額重新計算增值率，對照適用稅率計算再轉讓應繳的土地增值稅稅額。通過數學模型計算，此辦法在再轉讓價格與清算時價格相差不大，再轉讓與清算時適用稅率不變的情況下，可以適用。否則，仍然會造成納稅人多繳或少繳土地增值稅。同上例，按此辦法計算的清算后再轉讓的扣除項目金額=[(清算時的扣除項目總金額37068.45萬元-清算時扣除的與房地產有關的稅金2220萬元)÷清算時已售面積8.51萬平方米]×再轉讓建筑面積14900平方米+再轉讓應扣除的與房地產有關的稅金578.87萬元=6680.42(萬元)，增值額為3749.58萬元，增值率為56.13%，適用稅率為40%，速算扣除系數為5%，再轉讓應繳土地增值稅為1165.81萬元，該項目清算時和再轉讓應繳土地增值稅合計2145.28萬元，與按187號文件處理方法相比，多繳14.42萬元，與銷售完畢一次清算相比，多繳140.94萬元。

　　綜上所述，筆者認為，上述兩種處理方法，造成土地增值稅應繳稅額的不確定。造成納稅人或少繳土地增值稅的原因在于清算時點的自由裁量，將會形成征納涉稅風險。因此，筆者建議，對187號文件第二條第二項中前兩種“可清算”情形的納稅申報，界定為土地增值稅預清算申報，預清算后再轉讓的申報，適用187文件第八條規定的處理方法，最后一次再轉讓或注銷前的納稅申報，應與預清算申報、預清算后再轉讓申報合并，并根據土地增值稅暫行條例及其實施細則等規定進行最終清算，多退少補，實現清算項目土地增值稅稅額的唯一性和確定性。