準確確定清算單位(項目)是土地增值稅清算工作的關鍵環節。清算單位確定不同，會導致不同的清算結果。筆者根據文件出臺的時間順序，解析相關政策如下。

　　計算單位
　　土地增值稅以納稅人房地產成本核算的最基本核算項目或核算對象為單位計算
　　土地增值稅暫行條例實施細則第八條：土地增值稅以納稅人房地產成本核算的最基本的核算項目或核算對象為單位計算。
　　《房地產開發企業財務制度》：房地產成本核算的最基本的核算項目或核算對象分為土地開發、房屋開發、配套設施開發、代建工程開發四類。以上四類核算項目或核算對象劃分作為土地增值稅清算單位來計算土地增值稅，可以整體項目來計算土地增值額、增值率和土地增值稅額，以實現稅負的正負相抵。

　　清算單位
　　土地增值稅以國家有關部門審批的房地產開發項目為單位進行清算，對于分期開發的項目，以分期項目為單位清算
　　《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》(國稅發〔2006〕187號)第一條：土地增值稅以國家有關部門審批的房地產開發項目為單位進行清算，對于分期開發的項目，以分期項目為單位清算。開發項目中同時包含普通住宅和非普通住宅的，應分別計算增值額。對于土地增值稅清算單位中，所稱單位，指根據土地增值稅清算工作的需要，按項目開發情況劃分的，應作為單獨鑒證對象的單項工程或單位工程。

　　計算方法
　　對納稅人既建普通標準住宅又搞其他房地產開發的，應分別核算增值額
　　《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》(財稅字〔1995〕48號)：對納稅人既建普通住宅又搞其他房地產開發的，應分別核算增值額。不分別核算增值額或不能準確核算增值額的，其建造的普通標準住宅不能適用土地增值稅暫行條例第八條(一)項的免稅規定。
　　實際工作中，有些房地產開發企業的清算項目包括普通住宅和非普通住宅，能夠單獨計算兩者的增值額卻不愿意進行這項工作，放棄普通住宅免稅的待遇，而希望將項目合并計算增值額。這往往出現在普通住宅出現負增值，而非普通住宅出現較大增值的情況下，普通住宅的免稅條款失去了意義，如果合并計算增值額，還能正負相抵，項目的整體稅負得以降低。
　　財稅字〔1995〕48號文件要求以開發項目為清算單位，只是強調將普通住宅、其他房地產項目劃分來分別核算增值額。對于納稅人來說，在1995年5月25日之后清算的如果沒有分別核算，只是不能享受免稅政策，而分與不分，由納稅人自定。
　　《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅若干問題的通知》(財稅〔2006〕21號)：納稅人既建造普通住宅，又建造其他商品房的，應分別核算土地增值額。此文件強調普通住宅與其他商品房必須分別核算，如果不分開，稅務機關有權進行調整。因此，對在2006年3月2日之后清算的房地產，納稅人必須分別核算普通住宅和其他商品房的土地增值額。

　　風險提示
　　《土地增值稅清算管理規程》(國稅發〔2009〕91號)第十七條規定，清算審核時，應審核房地產開發項目是否以國家有關部門審批、備案的項目為單位進行清算;對于分期開發的項目，是否以分期項目為單位清算;對不同類類型房地產是否分別計算增值額、增值率、繳納土地增值稅。
　　在土地增值稅清算過程中，對于清算單位的確定存在爭議。一種觀點認為，應按照房地產開發項目為單位;另一種觀點則認為，應按房地產開發項目內的不同類型房地產分別作為清算單位。在國稅發〔2009〕91號文件發布之前，大部分地方涉及土地增值稅的有關文件都沒有對房地產進行類型劃分。目前，房地產經營的主要產品類型有住宅(普通住宅、非普通住宅、高級公寓、別墅)、商業房地產(寫字樓、旅館、商店、酒店、銀行等進行經營性服務行業所使用的房屋)、工業房地產(廠房、倉庫、實驗室和配套服務用房)、旅游房地產(公園、風景名勝、歷史古跡、沙灘、高爾夫球場等休閑娛樂場所和用房)、農業房地產(農場、林場、牧場、果園等)和特殊房地產(政府機關辦公樓、學校、教堂、寺廟、墓地等)。國稅發〔2009〕91號文件發布后，強調在以開發的房地產項目及分期項目大層次劃分為清算單位的前提下，對同一項目或多個項目不同類型的房地產子項目必須分別計算增值額、增值率和增值稅額，改變了原來計算土地增值稅先整體后分攤的計算方法。納稅人在清算時應注意這一變化。