案情簡介：近日，南京地稅局稅務人員在風險應對中發現，某房地產開發公司的項目中，應繳納基礎設施配套費約3億元，公司將這筆費用進行了計提，并在土地增值稅清算中扣除。但是，稅務人員發現這筆費用中約90%的款項并未實際支付。對此，稅務人員向企業人員講解了相關政策，對該項目的房地產開發成本予以調減，并補征了少繳的土地增值稅。

稅務分析：根據《國家稅務總局關于房地產開發企業土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發〔2006〕187號）第四條第四款的規定，房地產開發企業的預提費用，除另有規定外，不得扣除。

因此，雖然該項目的基礎設施配套費已經預提，但是如果清算時尚未實際支付，則不得在土地增值稅清算中列入房地產開發成本進行扣除。