索賠發票可以抵扣嗎?

不能,這是屬于價外費.

根據《中華人民共和國發票管理辦法》規定:

"第二十條銷售商品、提供服務以及從事其它經營的單位和個人,對外發生經營業務收取款項,收款方應當向付款方開具發票;特殊情況下,由付款方向收款方開具發票."

根據《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》規定:

"第十二條條例第六條第一款所稱價外費用,包括價外向購買方收取的手續費、補貼、基金、集資費、返還利潤、獎勵費、違約金、滯納金、延期付款利息、賠償金、代收款項、代墊款項、包裝費、包裝物租金、儲備費、優質費、運輸裝卸費以及其他各種性質的價外收費.……."

根據上述規定,加工企業加工的產品存在質量問題,通過協商收到的補償金,不是因提供應稅勞務向購買方收取的價外費用,不屬于開具發票的范圍,因此不可開具發票.