目前，掛靠經營方式普遍，特別是在交通運輸行業更為常見。掛靠經營如何開具發票，受票方如何抵扣進項稅，一直是困擾企業和稅務機關的問題，也常常為此產生爭議。
　　對于掛靠經營行為，增值稅暫行條例實施細則第十條明確，單位租賃或者承包給其他單位或者個人經營的，以承租人或者承包人為納稅人(未包括掛靠)。《財政部、國家稅務總局關于將鐵路運輸和郵政業納入營業稅改征增值稅試點的通知》(財稅〔2013〕106號)附件1《營業稅改征增值稅試點實施辦法》明確，單位以承包、承租、掛靠方式經營的，承包人、承租人、掛靠人(以下統稱承包人)以發包人、出租人、被掛靠人(以下統稱發包人)名義對外經營并由發包人承擔相關法律責任的，以該發包人為納稅人。否則，以承包人為納稅人。但對于掛靠經營如何開具專用發票，受票方如何抵扣進項稅沒有明確。
　　《國家稅務總局關于納稅人對外開具增值稅專用發票有關問題的公告》(國家稅務總局公告2014年第39號)規定，自2014年8月1日起，納稅人通過虛增增值稅進項稅額偷逃稅款，但對外開具增值稅專用發票同時符合以下情形的，不屬于對外虛開增值稅專用發票：(一)納稅人向受票方納稅人銷售了貨物，或者提供了增值稅應稅勞務、應稅服務;(二)納稅人向受票方納稅人收取了所銷售貨物、所提供應稅勞務或者應稅服務的款項，或者取得了索取銷售款項的憑據;(三)納稅人按規定向受票方納稅人開具的增值稅專用發票相關內容，與所銷售貨物、所提供應稅勞務或者應稅服務相符，且該增值稅專用發票是納稅人合法取得、并以自己名義開具的。受票方納稅人取得的符合上述情形的增值稅專用發票，可以作為增值稅扣稅憑證抵扣進項稅額。
　　國家稅務總局公告2014年第39號解讀稿明確，對于掛靠經營如何適用本公告，需要視不同情況分別確定。第一，如果掛靠方以被掛靠方名義，向受票方納稅人銷售貨物、提供增值稅應稅勞務或者應稅服務，應以被掛靠方為納稅人。被掛靠方作為貨物的銷售方或者應稅勞務、應稅服務的提供方，按照相關規定向受票方開具增值稅專用發票，屬于本公告規定的情形。第二，如果掛靠方以自己名義向受票方納稅人銷售貨物、提供增值稅應稅勞務或者應稅服務，被掛靠方與此項業務無關，則應以掛靠方為納稅人。這種情況下，被掛靠方向受票方納稅人就該項業務開具增值稅專用發票，不在本公告規定之列。
　　根據國家稅務總局公告2014年第39號的解讀可以看出，對于開票方，如果存在掛靠經營，掛靠方應以被掛靠方名義開展業務，被掛靠方作為納稅人，這樣被掛靠方可以向受票方開具發票;如果以掛靠方自己名義開展業務，掛靠方為納稅人，這時由被掛靠方開具發票則屬于虛開行為。對于受票方，不僅要做到合同簽訂、發票開具和付款對象相一致，還要注意，納稅人必須要真實銷售了貨物或提供了勞務，納稅人向受票方收取了所銷售貨物、所提供應稅勞務或者應稅服務的款項，或者取得了索取銷售款項的憑據。這意味著，增值稅進項抵扣應按《國家稅務總局關于加強增值稅征收管理若干問題的通知》(國稅發〔1995〕192號)“納稅人購進貨物或應稅勞務，支付運輸費用，所支付款項的單位，必須與開具抵扣憑證的銷貨單位、提供勞務的單位一致，才能夠申報抵扣進項稅額，否則不予抵扣”的規定執行，即必須是“貨物流、發票流和資金流”三者相一致。否則，開票方可能被認定為是虛開專用發票，受票方不能抵扣進項稅。

　　結論
　　上例中，如果掛靠人以運輸公司的名義對外經營，并由運輸公司承擔法律責任，運輸公司為納稅人。此時，運輸公司不屬于虛開發票行為，受票方可以抵扣進項稅。如果掛靠方以自己名義向受票方提供運輸服務，且運輸合同是受票方和掛靠人簽的，掛靠人為納稅人，這時發票由運輸公司開具，屬于虛開發票行為，受票方屬于惡意接受虛開專用發票行為。